PhD: Herken de oorzaak van een beroerte aan de hand van nano-partikels in bloed

Een beroerte is de belangrijkste oorzaak van blijvende invaliditeit en de derde doodsoorzaak in Nederland. Van de patiënten die een beroerte overleven, loopt de helft zodanige hersenschade op dat hij of zij hulpbehoevend blijft. Een beroerte ontstaat door een hersenbloeding of herseninfarct. Voor de effectiviteit van behandeling van een herseninfarct geldt: ‘Tijd is brein’, omdat zonder behandeling gemiddeld 2 miljoen hersencellen per minuut afsterven en de kansen op herstel exponentieel afnemen. Momenteel wordt de diagnose, oorzaak en behandel indicatie vastgesteld in het dichtstbijzijnde ziekenhuis met een CT-scan. Pas daarna kan met behandeling worden gestart. Hierdoor gaat kostbare tijd - gemiddeld 60 minuten (=120 miljoen hersencellen) - verloren en nemen de kansen op herstel af.

In project CINTICS II (Circulating Nano Traces to Identify the Cause of Stroke) gaan we nieuwe technieken ontwikkelen en toepassen om twee soorten nano-partikels in bloed te detecteren: extracellulaire vesicles (EV’s) en kleine RNA-moleculen. EV’s kunnen informatie bevatten over de oorzaak van een beroerte. RNA kan ons meer informatie geven over de exacte locatie en de ernst van de beroerte. We gaan de nieuwe technieken toepassen om de nano-partikels te meten in bloedmonsters van patiënten. Deze bloedmonsters zijn al verzameld tijdens CINTICS I. De testresultaten worden vergeleken met de reguliere diagnostiek, de einddiagnose en de prognose van iedere patiënt.

Het belangrijkste doel van dit project is het leveren van experimenteel bewijs voor een laboratoriumtest die de onderliggende oorzaak van een beroerte kan herkennen. De belangrijkste taken zijn:

• Het samenvoegen van klinische informatie van de twee opgezette biobanken in AUMC en LUMC uit het voorgaande project, zodat bloedmonsters en gegevens actief kunnen worden uitgewisseld;
• Het meten van de concentraties van cel-specifieke EV's, gelabeld met markers voor hypoxie, met behulp van state-of-the-art flow cytometrie en surface plasmon resonance imaging. Het relateren van de meetresultaten aan het type beroerte;
• Het identificeren en valideren van profielen van circulerende kleine niet-coderende RNA's om hersenbloedingen, grote en kleine herseninfarcten en controles van elkaar te kunnen onderscheiden;
• Het optimaliseren van de sequentie-specifieke detectie van meerdere (tot 10) kleine niet-coderende RNA's tegelijkertijd in een druppel menselijk bloed, op pathofysiologische niveaus (attomolaire bereik);
• Het combineren van de EV- en RNA-datasets om de specificiteit en gevoeligheid van de ontwikkelde technologieën te verbeteren.

Het academische doel is om ten minste drie wetenschappelijke artikelen te publiceren, welke samen het proefschrift van de kandidaat zullen vormen.

We zijn op zoek naar een zeer gemotiveerde, enthousiaste, kritische onderzoeker die:

• De Nederlandse taal goed kent met een M.Sc. diploma in de Technische Geneeskunde, Biomedische Technologie, Lifescience & Technologie, Medische natuurwetenschappen of een soortgelijke studierichting;
• De kandidaat heeft een centrale rol in dit onderzoek en moet daarom in staat zijn om samen te werken met biochemici, natuurkundigen, analisten, neurologen, onderzoeksverpleegkundigen en patiënten;
• We verwachten dat de kandidaat vertrouwd is met een laboratoriumomgeving (wetlab) en ervaring heeft met laboratoriumtechnieken, zoals flow cytometrie en PCR;
• Voor efficiënte dataverwerking is programmeerkennis (bijv. met R of Python) een pre;
• Hoewel supervisie regelmatig plaatsvindt, is een zelfstandige werkhouding vereist. Affiniteit met speuren is, gezien het onderwerp, zeer gewenst.

Dit project wordt gefinancierd door de Hartstichting en uitgevoerd bij twee instituten: Amsterdam Universitair Medisch Centrum en Leiden Universiteit Medisch Centrum. Het onderzoek naar EV’s als beroerte-biomarker vindt plaats in het Laboratorium voor Klinische Experimentele Chemie en bij de afdeling Biomedical Engineering & Physics van het AUMC, welke samenwerken onder de naam Amsterdam Vesicle Center. De groep heeft momenteel 17 actieve leden. Het EV-onderzoek wordt in nauwe samenwerking met de afdeling Neurologie uitgevoerd.
Het onderzoek naar kleine RNA’s als beroerte-biomarkers vindt plaats in het LUMC bij de afdeling Neurologie en de het Einthoven Laboratory for Experimental Vascular Medicine. De afdeling Neurologie van het LUMC heeft een nauwe samenwerking met de afdeling voor Nutrition, Exercise and Sports (NEXS) van de Universiteit van Kopenhagen in Denemarken, voor het aanleren van en ondersteuning bij alle RNA-analyse technieken.
Alle betrokken groepen hebben een sterk internationaal netwerk met samenwerkingen in de wetenschap en industrie. Verder is het project een onderdeel van het nationale CONTRAST Consortium, dat als doel heeft om de klinische uitkomst van beroerte patiënten te verbeteren. Gedurende het promotietraject wordt in beide instituten een dagelijks begeleider (copromotor) aangesteld.

Dit project wordt uitgevoerd in het AMC (50%) en het LUMC (50%). Op locatie AMC is AMC Medical Research (AMR) gevestigd. AMR ondersteunt wetenschappelijk onderzoek in zonder winstoogmerk. Hiermee voorziet AMR onderzoekers in alles wat ze nodig hebben om te kunnen excelleren. Zo biedt AMR principal investigators (PI's) en projectleiders begeleiding op het gebied van projectbeheer, finance en human resources. Bij medisch-wetenschappelijke onderzoeksprojecten wordt daarnaast ook ondersteuning op juridisch vlak geboden. Bekijk de video hieronder voor meer informatie.

Start je nieuwe baan bij AMR!